Francis Gillot a démarré sa carrière d'entraîneur à Lens puis à Sochaux puis dirigé les Girondins de Bordeaux entre 2011 et 2014 (contrat non prolongé). Un départ qui lui reste encore en travers de la gorge. "On a tout fait pour que je parte, déclarait-il à France Football en 2015. Il y a eu une vague médiatique qui a fait que j'étais plutôt devenu indésirable en France".  Gillot a ensuite décidé de rejoindre la Chine et le club du Shanghai Greenland Shenhua, pendant un an, avant de rentrer en France pour raisons familiales. Il a ensuite pris les rênes de l'AJ Auxerre en juin 2017, avant de quitter le club en décembre.
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