Valérie Lemercier est toujours particulièrement discrète sur sa vie privée. Dans une interview, elle raconte qu'elle aime préserver son jardin secret : "Je ne m'affiche pas. La seule chose que j'aime dans un couple, c'est l'intimité, tout ce qui ne se voit pas. A partir du moment où les choses se savent, je trouve qu'elles sont gâchées. Rien n'est plus beau qu'une relation cachée. L'impudeur me semble indécente, presque porno". Elle a vécu avec le producteur et musicien Bertrand Burgalat dans les années 1990 : il lui a par ailleurs écrit un album"Valérie Lemercier chante". L'actrice aurait aussi vécu une histoire avec le producteur Manuel Munz avant de passer plusieurs années avec l'avocat Hervé Témime. En octobre 2015, elle est apparu aux bras de l'artiste Mathias Kiss.
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