La première légende raconte qu'en l'an 708, l'archange Michel serait apparu en songe à saint Aubert, alors évêque d'Avranches, lui demandant de construire ce sanctuaire en son nom.
Un autre rêve révèle à l'évêque qu’il doit construire le mont là où un taureau, volé à un voisin, aurait été caché. Ce dernier est retrouvé près du sommet de cet îlot rocheux au milieu d'une immense baie situé dans la Manche en région Normandie : le mont Tombe.
C'est ici selon la légende, que tomba un roc (le Pic-Saint-Aubert) où l'évêque commença les travaux de ce qui devint le Mont-Saint-Michel-au-péril-de-la-Mer. A cet emplacement a été édifié au 12e siècle le monument actuel de la chapelle Saint-Aubert, à la mémoire du fondateur.
La légende raconte qu'au cours d'un dernier songe de l'évêque, l'archange Michel toucha sa tête avec son doigt de lumière et lui perfora le crâne pour le convaincre de construire le Mont-Saint-Michel.
L'évêque d'Avranches envoya deux clercs chercher des reliques de Saint-Michel au monastère du mont Gargan en Italie du Sud. Ils y auraient rapporté un pan de sa cape rouge et un morceau de marbre sur lequel l'archange avait posé son pied et où on y distinguait encore l'empreinte.
Le jour de l’arrivée des reliques de l’archange portés par les deux clercs, une femme aveugle aurait retrouvé la vue au moment où elle arriva sur le sable du rivage. C'est la légende du "miracle d'Astériac".
Le Mont-Saint-Michel fut à la fois monastère, centre culturel et spirituel de la chrétienté, citadelle puis prison. Depuis 1969, une communauté monastique y assure également une présence spirituelle permanente.
Aux XIVe et XVe siècles, des remparts furent érigés autour du village du Mont Saint-Michel pour le protéger de l'attaque anglaise pendant la Guerre de Cent Ans. Seule terre de Normandie restée fidèle à Charles VII, elle résiste à l'assaut par la terre comme par la mer.
En 2023, le pèlerinage du Millénaire de la construction de l'abbatiale amena le crâne de Saint-Aubert, conservé à la basilique Saint-Gervais d'Avranches, qui présente bien un trou, à l'abbaye du Mont-Saint-Michel. Un événement qui n'a eu lieu que deux fois avant, en 2009 et 1909.
Conçue en 1897 par l'artiste Emmanuel Frémiet et dressée tout en haut de l'église abbatiale, cette statue de saint Michel tuant le dragon et qui symbolise la victoire du bien sur le mal rappelle aux visiteurs les origines de la fondation de ce mont unique au monde.